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--- neuroimagen:pipe03 [2019/04/30 09:45] – [PET-FBB] osotolongo
+++ neuroimagen:pipe03 [2020/08/04 10:58] (current) – external edit 127.0.0.1
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 Los archivos de //DTI// deben estar almacenados en el directorio //dti// dentro del directorio del proyecto y en formato NIfTI-1. Deben ademas ser nombrados de acuerdo a la base de datos del proyecto. El archivo //mop0001sXXXX.nii.gz// (las X son cualquier numero) es el correspondiente a la linea //0001;mop// de la base de datos. Deben existir ademas los archivos //mop0001sXXXX.bval// y //mop0001sXXXX.bvec//. En caso de tenerlo, el archivo //mop0001_p2a_b0.nii.gz//, permite hacer correccion de susceptibilidad.
-De cara al cluster, hay dos maneras de ejecutar el procesamiento DTI. Los scripts //dti_reg.pl// y //dti_reg_split.pl// hacen exactamente lo mismo pero mientras el primero lanza todas las tareas en el mismo trabajo, el segundo lanza una tarea por trabajo permitiendo un control individual del proceso de cada sujeto a cambio de velocidad de procesamiento. Dependiendo de las opciones, la cantidad de sujetos y los fallos que se obtenga en el proceso es preferible uno o el otro.
+El registro DTI se ejecuta con el scripts //dti_reg.pl//. Las opciones son,
-Las opciones son,
   * //-cut//, (Ver [[neuroimagen:pipe03#opciones_comunes|Opciones comunes]])
   * //-nocorr//, no realiza correciones (para cuando no existe el //P>>A//)
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 <code bash>
-$ dti_reg_split -nocorr -cut soloestos.csv facehbi
+$ dti_reg.pl -nocorr -cut soloestos.csv facehbi
 </code>
 procesara los sujetos contenidos en el archivo //soloestos.csv// que pertenezcan al proyecto //facehbi// sin realizar correciones por suceptibilidad.
+**Report aqui** FIXME
 Los valores de FA y MD se obtienen ejecutando //dti_metrics.pl//. Este script calcula, y envia la tabla por email, estos valores en las regiones de referencia definidos por los [[https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/Atlases|atlas de la JHU]].
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 Esta herramienta se creo ustilizando el estudio FACEHBI como piloto. El procedimiento sigue las lineas de este estudio. Se reciben 4 imagenes, cada una integrando 5 minutos. Las imagenes se coregistran independientemente al espacio del sujeto y se luego promedian.
-** El analisis de FBB está integrado en el cluster y ahora utiliza SLURM ** por lo que puede controlarse con las herramientas
+** El analisis de FBB está integrado en el cluster y ahora utiliza SLURM ** por lo que puede controlarse con las herramientas correspondientes.
 Para ello,
@@ Line 317: / Line 318: @@
 <code bash>
 $ fbb_cl_metrics.pl estudio
-</code bash>
+</code>
+y los resultados quedan en el archivo //estudio_fbb_cl.csv//.
 ===== fMRI =====
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 Los resultados de cada sujeto quedan en //working/rs.gica/groupmelodic.ica/ // y el informe en //working/rs.gica/groupmelodic.ica/report/00index.html//
+==== fmriprep ====
 ===== Opciones comunes =====