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--- neuroimagen:mriface_reports [2022/04/05 14:38] – [Sacando edad de XNAT] osotolongo
+++ neuroimagen:mriface_reports [2023/07/14 09:57] (current) – [Evaluando neurodegeneración] osotolongo
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 ====== Extrayendo los datos de los informes de MRI FACE ======
-===== Obteniendo los PatientID =====
+===== Obteniendo los StudyID =====
-Lo primero es sacar los //Patient ID// de cada MRI. Primero saco los sujetos del proyecto y los asocio a los //IDs// almacenados como //label// del experimento.
+Lo primero es sacar los //Study ID// de cada MRI. Primero saco los sujetos del proyecto y los asocio a los //IDs// almacenados como //label// del experimento.
 <code bash>
@@ Line 22: / Line 23: @@
 </code>
-===== Bajar PDFs =====
+**Nota:** Revisar el codigo y cambiar los ID, que no son estos.
+Estoy migrando de PatientID a StudyID, :BACKLOG:
+<code bash>
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ for x in reports_archive/*.txt; do p=$(grep "^D[0-9]*$" ${x}); r=$(basename ${x} | sed 's/\.txt//'); a=$(grep "^[0-9]D[0-9]*$" ${x}); echo "${r},${p},${a}"; done > accesion_ids.csv
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ xnatapic get_jsession
+F92C34AC318AB2A6A7D1BE3506A317
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ while read -r line; do s=$(echo ${line} | awk -F',' '{print $1}'); aid=$(echo ${line} | awk -F',' '{print $3}'); eid=$(xnatapic list_experiments --project_id mriface --subject_id ${s} --modality MRI); curl -f -X PUT -b "JSESSIONID=65F92C34AC318AB2A6A7D1BE3506A317" "http://detritus.fundacioace.com:8088/data/projects/mriface/subjects/${s}/experiments/${eid}?label=${aid}"; echo "${s}, ${aid} --> done"; done < accesion_ids.csv
+</code>
+==== Bajar PDFs =====
   - Entrar en https://impax.corachan.com/
-  - Buscar por PatientID
+  - Buscar por AccesionID
   - Salvar el report como pdf con el numero interno
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 </code>
 ++++
+++++ Procedimiento antiguo |
 y entonces,
@@ Line 170: / Line 186: @@
 20211611,NA,NA,NA,0,0,0,0,0
 </code>
+++++ DELETEME
 Y cuando casi eres feliz, **te cambian la estructura de los informes** LOL
@@ Line 598: / Line 616: @@
 # Get input
 my $xprj = 'unidad';
+my $ilist;
 while (@ARGV and $ARGV[0] =~ /^-/) {
         $_ = shift;
         last if /^--$/;
         if (/^-x/) {$xprj = shift; chomp($xprj);}
+        if (/^-i/) {$ilist = shift; chomp($ilist);}
 }
 die "Should supply XNAT project" unless $xprj;
@@ Line 628: / Line 648: @@
 my $tmp_dir = tempdir(TEMPLATE => $ENV{TMPDIR}.'/xnat_data.XXXXXX', CLEANUP => 1);
 my $sbj_file = $tmp_dir.'/all_subjects.csv';
+# me conecto y genero mi JSESSIONID
+my $q = 'curl -f -X POST -u "'.$xconf{'USER'}.':'.$xconf{'PASSWORD'}.'" "'.$xconf{'HOST'}.'/data/JSESSION" 2>/dev/null';
+my $jid = qx/$q/;
 # Saco los sujetos del proyecto
-my $q = 'curl -f -X GET  -u "'.$xconf{'USER'}.':'.$xconf{'PASSWORD'}.'" "'.$xconf{'HOST'}.'/data/projects/unidad/subjects?format=csv" > '.$sbj_file;
+$q = 'curl -f -b JSESSIONID='.$jid.' "'.$xconf{'HOST'}.'/data/projects/unidad/subjects?format=csv" > '.$sbj_file.' 2>/dev/null';
 system($q);
+my @slist;
+if ($ilist) {
+        open IDF, "<$ilist";
+        @slist = <IDF>;
+        close IDF;
+}
 my %subjects;
 open IDF, "<$sbj_file";
@@ Line 637: / Line 666: @@
                 my ($xid,$xlabel) = /(XNAT.*),.*,(\d*),.*,.*,.*$/;
                 #print "$xid -> $xlabel\n";
-                $subjects{$xid}{'label'} = $xlabel;
+                if(!$ilist or grep( /^$xlabel$/, @slist)){
+                        $subjects{$xid}{'label'} = $xlabel;
+                        print "$xlabel\n";
+                }
         }
 }
 close IDF;
+#dump %subjects;
 foreach my $subject (sort keys %subjects){
         my $sconn = 'sqlcmd -U '.$sqlconf{'USER'}.' -P '.$sqlconf{'PASSWORD'}.' -S '.$sqlconf{'HOST'}.' -s "," -W -Q "SELECT his_interno, xfecha_nac, xsexo_id FROM [UNIT4_DATA].[imp].[vh_pac_gral] WHERE his_interno = \'"'.$subjects{$subject}{'label'}.'"\';" | grep '.$subjects{$subject}{'label'};
@@ Line 661: / Line 693: @@
 }
 close ODF;
 </code>
 ++++
+-----
+** Para construir el CSV con los datos demograficos de todo el proyecto basta hacer, **
+** Nota: ** procedimiento obsoleto ver preanon.sh y update_sbj.pl dentro de /old_nas/mri_face
+<code bash>
+$ ./make_csv.pl -x proyecto
+</code>
+** (si no se pone el nombre de proyecto toma como default //unidad//) **
+** Si solo quiero hacer unos pocos, **
+<code bash>
+$ cat newones.list
+20220534
+20210104
+20210474
+20171653
+$ ./make_csv.pl -i newones.list
+</code>
+-----
 Y ahora puedo usar este [[https://wiki.xnat.org/documentation/how-to-use-xnat/upload-experiment-data-via-spreadsheet | metodo para subir el CSV]]
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+===== Haciendo Update de la DB =====
+Cuando he subido los sujetos nuevos, no me interesa subir todos los datos. Solo de los nuevos. Xnat permite bajarse un CSV con los datos fundamentales de los sujetos. Ejemplo,
+<code bash>
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ head osotolongo_9_9_2022_14_20_45.csv
+Subject,M/F,YOB,MR Sessions,Inserted
+20040526,F,1943,1,2022-08-15 14:50:34.733
+20050456,F,1940,1,2022-03-21 10:07:58.79
+20050604,U,,1,2022-09-09 11:03:42.296
+20071018,F,1937,1,2022-06-01 11:26:55.319
+20081210,F,1939,1,2021-12-18 18:36:35.746
+20090461,M,1944,1,2022-02-02 10:18:49.364
+20090567,F,1951,1,2022-08-16 11:46:09.795
+20100147,F,1943,1,2022-08-16 10:24:22.267
+20100678,M,1943,1,2022-02-02 10:53:02.929
+</code>
+Lo primero es mirar aqui quienes no tienen Genero o Fecha de nacimiento,
+<code bash>
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ awk -F"," '{if ($2=="U") print $1 }' osotolongo_9_9_2022_14_20_45.csv | sort -n > newones.list
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ cat newones.list
+20050604
+20181621
+20191940
+20220120
+20220144
+20220205
+20221002
+20221079
+20221124
+2021020051
+2021020062
+2021020098
+</code>
+Por supuesto que aqui habra tambien los errores previos (// ver las ultimas lineas//) pero no importa porque estos no se procesaran. Hago,
+<code bash>
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ ./make_csv.pl -i newones.list
+</code>
+y el archivo resultante,
+<code bash>
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ cat unidad_dob_gender.csv
+ID,label,dob,gender
+XNAT_S00611,20050604,1946-11-18,female
+XNAT_S00612,20220144,1948-04-10,female
+XNAT_S00613,20220120,1950-12-31,female
+XNAT_S00614,20220205,1938-10-06,female
+XNAT_S00615,20221002,1955-02-19,female
+XNAT_S00616,20181621,1941-10-23,female
+XNAT_S00617,20221079,1949-07-25,female
+XNAT_S00618,20191940,1943-11-09,female
+XNAT_S00619,20221124,1969-03-17,male
+</code>
+se utiliza para hacer un update subiendo el spreadsheet directamente a XNAT.
+ahora, quiero ver los reports que faltan, asi que hago,
+<code bash>
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ xnat_get_rvr.pl -x mriface
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ head mriface_rvr_data.csv
+Subject_ID,Date,Fazekas,GCA_D,GCA_I,Kipps_A_D,Kipps_A_I,Kipps_F_D,Kipps_F_I,Kipps_P_D,Kipps_P_I,Koedam_D,Koedam_I,Scheltens_D,Scheltens_I
+20151338,2021-12-04,1,2,2,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2
+20211523,2021-12-05,2,1,1,NA,NA,NA,NA,NA,NA,1,1,1,2
+2021020098,2021-12-04,1,2,2,2,2,2,2,1,1,1,2,2,2
+20211401,2021-12-04,1,1,1,1,1,1,1,2,2,1,1,0,1
+20211281,2021-12-01,1,3,3,NA,NA,NA,NA,NA,NA,2,3,3,3
+20210716,2021-12-16,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1
+20081210,2021-12-02,1,1,1,NA,NA,NA,NA,NA,NA,1,1,0,0
+20211524,2021-12-02,2,2,2,1,1,3,3,1,1,2,2,1,1
+20211482,2021-12-02,2,2,2,3,3,2,2,2,2,2,2,4,4
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ awk -F"," '{print $1}' mriface_rvr_data.csv > reports_done.list
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ awk -F"," '{print $1}' osotolongo_9_9_2022_14_20_45.csv > all.list
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ grep -v "`cat reports_done.list`" all.list > noreports.list
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ while read -r line; do xpr=$(xnatapic list_experiments --project_id unidad --subject_id ${line} --modality MRI --label); echo "${line},${xpr}"; done < noreports.list | awk -F"," '{print $1","$3}' > sbj_ids.csv
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ head sbj_ids.csv
+20050604,D22362317
+20181621,D22407522
+20191940,D22402332
+20211269,D18290542
+20220053,D22038623
+20220120,D22363608
+20220144,D22402314
+20220205,D99365341
+20220460,D99297208
+20220581,D22362247
+</code>
+y ahora regresamos a [[neuroimagen:mriface_reports#bajar_pdfs| bajar los PDFs y procesarlos]]
+===== Evaluando neurodegeneración =====
+Ahora, como determinar la N.
+Primero obtener los datos,
+<code bash>
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ xnat_pullfs.pl -s aseg -p mriface -o base_aseg.csv
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ xnat_pullfs.pl -s aparc -p mriface -o base_aparc.csv
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ awk -F',' '{print $1"_"$2","$0}' base_aseg.csv > tmp_aseg.csv
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ awk -F',' '{print $1"_"$2","$0}' base_aparc.csv > tmp_aparc.csv
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ join -t, tmp_aseg.csv tmp_aparc.csv | awk -F',' '{$1=$50=$51=""; print $0}' | sed 's/^ //;s/ /,/g;s/,,,/,/g' >  base_full.csv
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ (head -n 1 base_full.csv && tail -n +2 base_full.csv | sort -t,) > base_full_sorted.csv
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ xnat_get_age.pl -x unidad
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ sort -t, -n unidad_age_data.csv > unidad_age_data_sorted.csv
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ awk -F',' '{print $1"_"$2","$0}' unidad_age_data_sorted.csv > tmp_age.csv
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ awk -F',' '{print $1"_"$2","$0}' base_full_sorted.csv > tmp_base.csv
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ join -t, tmp_age.csv tmp_base.csv | awk -F',' '{$1=$5=$6=""; print $0}' | sed 's/^ //;s/ /,/g;s/,,,/,/g'> input_data.csv
+</code>
+y ahora me bajo el [[https://github.com/asqwerty666/acenip/tree/main/neuroass|script para calcular la N]] y,
+<code bash>
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ Rscript nplus.r
+</code>
+Y tenemos como resultado la estimacion de presencia de neurodegeneracion asi como la probailidad de pertenecer a cada grupo.
+<code bash>
+[osotolongo@brick03 mri_face]$ head classifier_output.csv
+Subject_ID,ND,posterior.0,posterior.1
+20050456,1,1.535472e-03,9.984645e-01
+20081210,0,7.683998e-01,2.316002e-01
+20090461,1,2.417535e-03,9.975825e-01
+20100678,1,1.268098e-04,9.998732e-01
+20140947,1,6.505165e-02,9.349483e-01
+20150926,1,3.967107e-07,9.999996e-01
+20151338,1,2.415657e-04,9.997584e-01
+20160418,1,2.258146e-07,9.999998e-01
+20170735,1,4.166497e-03,9.958335e-01
+</code>
+{{:neuroimagen:unidad_classifier_output_hippocampus.png?600|}}
+{{:neuroimagen:unidad_classifier_output_middletemporal.png?600|}}
+{{:neuroimagen:unidad_classifier_output_entorhinal.png?600|}}
+y la densidad de probabilidades de presentar neurodegeneracion perteneciendo a este grupo sería algo como,
+{{:neuroimagen:unidad_posterior_probs.png?600|}}
+===== Comparando neurodegeneración con LCR =====
+Aqui hay dos puntos a tener en cuenta,
+.- El algoritmo utilizado es correcto solamente para los pacientes preclínicos. Por construcción se supone que todos los sujetos diagnosticados con demencia tienen una probabilidad cierta (=1) de neurodegeneración.
+.-
+<code bash>
+awk -F',' '{if ($3!='3') print}' dxs_20230629.csv > dxs_20230629_notdemented.csv
+awk -F',' '{print $2}' dxs_20230629_notdemented.csv > selected.csv
+./get_lcr.pl -i selected.csv > nondemented_lcr.csv
+awk -F',' '{print $2","$4","$5","$6}' nondemented_lcr.csv | sed 's/label/Subject_ID/' > lcr_data.csv
+(head -n 1 lcr_data.csv && tail -n +2 lcr_data.csv | sort -t,) > lcr_data_sorted.csv
+</code>
+En este punto solo hay que unir los valores de LCR con los de Nplus.
+<code bash>
+join -t, classifier_output.csv lcr_data_sorted.csv > mriface_compare_data.csv
+</code>