Metodos FSQC

Euler number

El numero de euler da una idea de cuan cerca de una esfera ha quedado la reconstruccion de FS. Si es 2, es que ha ido perfecto.

[osotolongo@brick03 ~]$ for x in `ls -d /nas/data/subjects/bioface_*`; do len=$(mris_euler_number ${x}/surf/lh.inflated 2>&1 | grep "euler" | awk -F"= " '{print $4}' | awk -F" -->" '{print $1}'); ren=$(mris_euler_number ${x}/surf/rh.inflated 2>&1 | grep "euler" | awk -F"= " '{print $4}' | awk -F" -->" '{print $1}'); s=$(echo ${x} | awk -F"/" '{print $5}'); echo "${s}, ${len}, ${ren}";  done

Pero como QC es engañoso porque solo nos dice si FS pudo hacer el inflate correctamente.

QCApp

https://github.com/ntraut/QCApp

Es muy sencillo de ejecutar,

[osotolongo@brick03 QCApp]$ java -Djava.awt.headless=true -jar target/QCApp-0.0.1-SNAPSHOT.jar target/config/FreeSurfer.xml /nas/data/subjects/facehbi_0112

y crea un nuevo directorio qc con imagenes correspondientes a cortes coronal, axial y sagital de la imagen original, el cerebro y la segmentacion,

$ ls /nas/data/subjects/facehbi_0112/qc/
aseg.X.png  aseg.Y.png	aseg.Z.png  brain.X.png  brain.Y.png  brain.Z.png  orig.X.png  orig.Y.png  orig.Z.png

A esto le puedo añadir un archivo html sencillo que me muestre las imagenes,

test.html

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"
	"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">
 
<head>
	<title>untitled</title>
	<meta http-equiv="content-type" content="text/html;charset=utf-8" />
	<meta name="generator" content="Geany 1.37.1" />
</head>
 
<body>
	<table>
	<tr>
		<td><img src="orig.X.png" alt="orig.X"></td>
		<td><img src="orig.Y.png" alt="orig.Y"></td>
		<td><img src="orig.Z.png" alt="orig.Z"></td>
	</tr>
	<tr>
		<td><img src="brain.X.png" alt="brain.X"></td>
		<td><img src="brain.Y.png" alt="brain.Y"></td>
		<td><img src="brain.Z.png" alt="brain.Z"></td>
	</tr>
	<tr>
		<td><img src="aseg.X.png" alt="aseg.X"></td>
		<td><img src="aseg.Y.png" alt="aseg.Y"></td>
		<td><img src="aseg.Z.png" alt="aseg.Z"></td>
	</tr>
	</table>
 
</body>
 
</html>

y entonces,

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