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neuroimagen:bioface_sbm

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neuroimagen:bioface_sbm [2021/12/14 09:59]
osotolongo [SBM vs NBACE]
neuroimagen:bioface_sbm [2021/12/14 10:33] (current)
osotolongo [Resultados]
Line 614: Line 614:
  
 ==== Automatizando ==== ==== Automatizando ====
 +
 +Bueno este proceso es mas o menos el mismo para todas las variables, asi que como que se puede automatizar con un poco de maña. 
 +
 +El primer procedimiento es extraer la info de la DB, respecto a la variable a estudiar. Para esto voy a hacer un plantilla y en tonces solo hay que sustituir el codigo de la variables en la plantilla, ejecutar el script resultante y todo deberia quedar en su sitio. Para cada variable hare un subdirectorio distinto, asi no se mezclan la cosas.
 +
 +El segundo paso es ejecutar las ordenes propiamente del analisis. Es decir que hago otra plantilla  donde escribir los codigo de variable y ya esta. Igual, que antes, escribo, ejecuto y quedan los analisis en su sitio.
  
 <code bash> <code bash>
Line 665: Line 671:
 </code> </code>
  
-+ahora debo hacer un script para llenar las plantillas y ejecutarlas. Esto es cosa bastante simple.
  
 <code bash> <code bash>
Line 683: Line 689:
 grep -v "^#" fsga_${code}/*glmdir/${code}*/*sig.cluster.summary grep -v "^#" fsga_${code}/*glmdir/${code}*/*sig.cluster.summary
 </code> </code>
 +
 +El //grep// final devuelve los resultados, en caso de haber alguno.
 +y ahora solo tendria que ir ejecutando, por ejemplo,
 +
 +<code bash>
 +$ ./run_all 240
 +</code>
 +
 +y cambiando el codigo para cada caso que me interese.
  
 ==== Resultados ==== ==== Resultados ====
 +
 +Despues de ejecutar todo, puedo mirar los resultados globales con facilidad,
  
 <code bash> <code bash>
Line 701: Line 718:
 </code> </code>
  
 +Ahora para mirar especificamente el cluster que nos interesa hagamos algo como,
 +
 +<code>
 +freeview -f $SUBJECTS_DIR/fsaverage/surf/lh.inflated:annot=aparc.annot:annot_outline=1:overlay=fsga_220/lh.220.glmdir/220/cache.th30.pos.sig.masked.mgh:overlay_threshold=2.3,5 -viewport 3d
 +</code>
 +
 +que nos muestra algo asi,
 +
 +{{ :neuroimagen:step1.png?600 |}}
 +
 +Pero manipulando un poco la configuracion del //overlay// y moviendo un poc la figura, nos queda algo mas //enseñable//,
 +
 +{{ :neuroimagen:step2.png?600 |}}
 +
 +Aqui estamos usando //aparc.annot// como //annotation// y podemos ver las regiones del cortex afectadas por el cluster. Pero tambien podemos cargar otro archivo, por ejemplo //lh.PALS_B12_Brodmann.annot// y esto nos identifica las regiones de Brodman afectadas.
 +
 +{{ :neuroimagen:step3.png?600 |}}
neuroimagen/bioface_sbm.1639475987.txt.gz · Last modified: 2021/12/14 09:59 by osotolongo