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cluster:slurmize_deps

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cluster:slurmize_deps [2020/10/28 15:59]
osotolongo
cluster:slurmize_deps [2021/02/18 09:58] (current)
osotolongo
Line 70: Line 70:
 </code> </code>
  
-Ahora viene la logica de la ejecucion. Si //norder// (el primer elemento de la linea) es mayor que //precedence// (inicialmente 1) quiere decir que este script depende de otro cuyo jobid ya tenemos y podemos ejecutarlo usando un //afterok//. En caso contrario (//norder// no es mayor que //precedence//) quiere decir que estamos reocrriendo un ciclo nuevo de dependencias y hacemos una ejecucion simple. en cada caso se captura de nuevo el //jobid// y se actualiza //precedence// al valor del nuemro de orden que acabamos de ejecutar.  +Ahora viene la logica de la ejecucion. Si //norder// (el primer elemento de la linea) es mayor que //precedence// (inicialmente 1) quiere decir que este script depende de otro cuyo jobid ya tenemos y podemos ejecutarlo usando un //afterok//. En caso contrario (//norder// no es mayor que //precedence//) quiere decir que estamos recorriendo un ciclo nuevo de dependencias y hacemos una ejecucion simple. en cada caso se captura de nuevo el //jobid// y se actualiza //precedence// al valor del nuemro de orden que acabamos de ejecutar.  
  
 <code python> <code python>
     if norder > precedence:     if norder > precedence:
-      exthis = ['sbatch --dependency=afterok:'+str(jobid)+' '+ofile]+      exthis = ['sbatch --parsable --dependency=afterok:'+str(jobid)+' '+ofile]
     else:     else:
-      exthis = ['sbatch '+ofile] +      exthis = ['sbatch --parsable '+ofile] 
     jobid = int(subprocess.check_output(exthis, shell=True))     jobid = int(subprocess.check_output(exthis, shell=True))
     precedence = norder     precedence = norder
Line 123: Line 123:
     exf.close()     exf.close()
     if norder > precedence:     if norder > precedence:
-      exthis = ['sbatch --dependency=afterok:'+str(jobid)+' '+ofile]+      exthis = ['sbatch --parsable --dependency=afterok:'+str(jobid)+' '+ofile]
     else:     else:
-      exthis = ['sbatch '+ofile] +      exthis = ['sbatch --parsable '+ofile] 
     jobid = int(subprocess.check_output(exthis, shell=True))     jobid = int(subprocess.check_output(exthis, shell=True))
     precedence = norder     precedence = norder
cluster/slurmize_deps.1603900767.txt.gz ยท Last modified: 2020/10/28 15:59 by osotolongo