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cluster:slurmize_deps

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Script python para ejecutar un archivo de ordenes, con dependencias

Para tener en cuenta las dependencias entre tareas he de incluir la informacion de prioridad que debe tener cada tarea. Esto lo puedo hacer sencillamente con un numero (en este modelo que es simple). Ejemplo, la primera tarea la marco con un 1, la tarea que depende de esta la marco con un 2, la siguiente con un 3, etc. Cuando terminen las dependencias y vaya a empezar con una tarea independiente, comenzare a etiquetar con un 1 nuevamente. Y asi sucesivamente,

[osotolongo@brick03 slurmit]$ cat listado.txt 
1:echo "chr1.list"; fgrep -vw "#" /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/chr1.dose.pvar | fgrep -vw "CHROM" | awk '{print "chr"$1,$2,$2+1,$3}' | sed 's/chr23/chrX/g' | sed 's/chr24/chrY/g' | sed 's/chr26/chrM/g' | sed 's/ /	/g'  > /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/chr1.dose.pvar.list
2:/nas/Adapted/Protocol/QC/liftOver /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/chr1.dose.pvar.list /nas/Adapted/Protocol/QC/hg38ToHg19.over.chain /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/hglft_genome_chr1.bed /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/unmapped_chr1.bed
1:echo "chr2.list"; fgrep -vw "#" /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/chr2.dose.pvar | fgrep -vw "CHROM" | awk '{print "chr"$1,$2,$2+1,$3}' | sed 's/chr23/chrX/g' | sed 's/chr24/chrY/g' | sed 's/chr26/chrM/g' | sed 's/ /	/g'  > /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/chr2.dose.pvar.list
2:/nas/Adapted/Protocol/QC/liftOver /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/chr2.dose.pvar.list /nas/Adapted/Protocol/QC/hg38ToHg19.over.chain /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/hglft_genome_chr2.bed /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/unmapped_chr2.bed
1:echo "chr3.list"; fgrep -vw "#" /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/chr3.dose.pvar | fgrep -vw "CHROM" | awk '{print "chr"$1,$2,$2+1,$3}' | sed 's/chr23/chrX/g' | sed 's/chr24/chrY/g' | sed 's/chr26/chrM/g' | sed 's/ /	/g'  > /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/chr3.dose.pvar.list
2:/nas/Adapted/Protocol/QC/liftOver /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/chr3.dose.pvar.list /nas/Adapted/Protocol/QC/hg38ToHg19.over.chain /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/hglft_genome_chr3.bed /nas/GRACE/StageII/rareVariants/plink_files/Topmed/unmapped_chr3.bed
cluster/slurmize_deps.1603898777.txt.gz · Last modified: 2020/10/28 15:26 by osotolongo