#!/usr/bin/env python
import sys
import os 
import re
import subprocess

time = '3:0:0'
cpus = 4
partition = 'fast'
memxcpu = '4G'
ifile = str(sys.argv[1])
#Creo el directorio slurm en caso necesario
wdir = 'slurm'
if not os.path.isdir(wdir): os.mkdir(wdir)
#esto es un contador para diferenciar los scripts que se ejecutan
count = 0
precedence = 1
#abro el archivo y leo linea a linea
with open(ifile, 'r') as orf:
  for line in orf:
    count+=1
    order = re.search(r"(\d+):(.*)", line) # la orden se divide en un numero que marca la precedencia y la linea a ejecutar
    norder = int(order.group(1))
    ofile = wdir+'/sorder_{:04d}'.format(count)+'.sh'
    cont = '#!/bin/bash\n'
    cont += '#SBATCH -J '+ifile+'\n'
    cont += '#SBATCH -c '+str(cpus)+'\n'
    cont += '#SBATCH --mem-per-cpu='+memxcpu+'\n'
    cont += '#SBATCH --time='+time+'\n'
    cont += '#SBATCH --mail-type=FAIL,TIME_LIMIT,STAGE_OUT\n'
    cont += '#SBATCH --mail-user='+os.environ.get('USER')+'\n'
    cont += '#SBATCH -o '+wdir+'/'+ifile+'_order-%j\n'
    cont += '#SBATCH -p '+partition+'\n'
    cont += order.group(2)+'\n'
    exf = open(ofile, 'w')
    exf.write(cont)
    exf.close()
    if norder > precedence:
      exthis = ['sbatch --parsable --dependency=afterok:'+str(jobid)+' '+ofile]
    else:
      exthis = ['sbatch --parsable '+ofile] 
    jobid = int(subprocess.check_output(exthis, shell=True))
    precedence = norder
ofile = wdir+'/'+ifile+'_end.sh'
cont = '#!/bin/bash\n'
cont += '#SBATCH -J '+ifile+'\n'
cont += '#SBATCH --mail-type=END\n'
cont += '#SBATCH --mail-user='+os.environ.get('USER')+'\n'
cont += '#SBATCH -o '+wdir+'/'+ifile+'_end-%j\n'
cont += ':\n'
exf = open(ofile, 'w')
exf.write(cont)
exf.close()
os.system('sbatch --dependency=singleton '+ofile)